Кейс, в прошлом высококлассный фрилансер, специализирующийся по взлому систем защиты информации, влачит жалкое существование в трущобах футуристического городского конгломерата Токио-Иокогама в районе префектуры Тиба.
Когда-то он задумал утаить от своего работодателя часть украденных данных для последующей перепродажи по более выгодной для себя цене. Этот замысел был раскрыт, и нанятые работодателем Кейса гангстеры ввели в нервную систему хакера микотоксин, блокирующий доступ к сенсориумам виртуальной реальности. Теперь Кейс не может входить в матрицу — он видит только бессчётные пиксели вместо привычных трёхмерных структур. Он ищет смерти, принимая все более низкоквалифицированные и рискованные заказы, опускаясь уже до простых грабежей в реальном мире, накачивая себя тяжёлыми наркотиками. Его поджелудочная железа и печень все чаще выходят из строя.
Кейсу остается жить не дольше нескольких месяцев. Его мрачное существование скрашивает наркоманка Линда, которую он как-то встретил в зале аркадных стимуляторов и сделал своей пассией. Кредиторы Кейса Дин и Уэйдж постоянно напоминают о задолженности, и Кейс не находит ничего лучшего, как выбивать деньги из мелких торговцев и «шестёрок» якудзы. Потом он переходит на торговлю человеческими органами и собирает средства, достаточные для покупки аппаратуры, позволяющей выкрасть некоторые ценные файлы из банка данных одной крупной фирмы. Эти файлы он рассчитывает продать Дину и Уэйджу, тем самым возместив долг, а остаток использовать на последнюю попытку регенерации нервных узлов.
Но Линда похищает компьютер с добытой Кейсом информацией, а в съёмной конуре хакера её место занимает загадочная Молли…